O curso de Ciências Contábeis foi criado pelo Decreto-Lei n.º 7.988, de 22.09.45, com o nome de curso de Ciências Contábeis e Atuariais. O mesmo diploma legal estabelecia a duração de quatro anos e extinguia o curso superior de administração e finanças e o curso de atuário, criados através do Decreto n.º 20.158, de 30.06.1931.

Em 1951, o curso de Ciências Contábeis e atuariais foi desmembrado em dois, o de Ciências Contábeis e o de Ciências Atuariais, sendo que por falta de demanda apenas o primeiro é oferecido pela UFBa.

Em 12 de março de 1905, a Escola Comercial da Bahia deu início às suas atividades, funcionando inicialmente na Rua Chile, 19, tendo sido posteriormente transferida para o Largo da Piedade. A Escola Comercial transformou-se na Fundação Faculdade de Ciências Econômicas, inaugurada em 07 de agosto de 1934.

Na UFBa, o curso de Ciências Contábeis funcionou de 1945 até fins de 1994, como um departamento da Faculdade de Ciências Econômicas, quando em 27 de dezembro de 1994, de acordo com a portaria 1.796, foi criada a Faculdade de Ciências Contábeis, dando um novo impulso ao curso.

No dia 24 de Março de 2014 a FCC iniciou suas atividades em sua nova unidade no Vale do Canela.